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我國繪制出世界首個一串紅基因組圖譜
作者: 來源: 發布于:2018-6-25 9:33:58 點擊量:

喜訊:2018年6月19日,由北京源宜基因科技股份有限公司、北京市園林科學研究院及北京林業大學合作發表的“一串紅高質量基因組圖譜”文章在GigaScience雜志在線刊登,這標志著我國成為世界上首個繪制出一串紅基因組圖譜的國家。作為合作伙伴,源宜基因在該科研項目的開展過程中從技術路線、科研思路、高通量測序以及測序數據深度挖掘等方面給予了專業性服務。

 

 

一串紅是唇形科(Labiatae)鼠尾草屬(Salvia L)植物,從上世紀80-90年代的草花中的一枝獨秀到當前的主流草花之一的衰落,主要原因之一是資源創新能力不足。因此,一串紅種質創新亟需得以突破。在株型葉型調控、花期多樣化、花色豐富度、適應多樣性等方面,傳統雜交育種難以滿足種質創新需求,亟待借助新的基因組編輯技術進行更為靈活、精準的育種。

隨著高通量測序技術的發展,全基因組從頭測序已經成為快速了解物種的一個重要途徑。全基因組測序及功能注釋是基因組編輯開展種質創新的基石,對推動基礎研究和產業發展至關重要。一個物種基因組圖譜的繪制完成,有利于從基因組水平對該物種的生長、發育、進化、起源等問題進行研究,從而推動基礎生物學、分子育種、遺傳基因改良等方面的研究。

一串紅全基因組測序,主要采用三代與二代測序結合的策略:利用PacBio單分子實時測序技術超長讀長的優勢,可解決二代測序高GC區域無法準確測定、高重復序列無法跨越、海量短序列組裝困難等幾大困擾,快速經濟的完成基因組組裝。經過多輪的優化組裝,最終得到一串紅最終版本基因組大小為808Mb,其中contig N50為2.26M,scaffold N50為3.12M,而且二代數據和三代數據與基因組的map比例比較高,表明基因組的完整度很好。

一串紅高質量基因組組裝及注釋將為其株型、開花、生長發育等調控機制的解析和新品種創制奠定良好的基礎。該研究是世界花卉基因組研究領域新突破,尤其是對于觀賞植物草花而言,這是目前唯一的基因組譜,是一串紅種質創新的基石。同時,為利用精油鼠尾草和一串紅雜交或利用CRISPR-cas9等基因編輯技術,培育多用途一串紅提供重要的理論參考。

 

 

 

參考文獻

 

 

Ai-Xiang Dong, Hai-Bo Xin, Zi-Jing Li, Hui Liu, Yan-Qiang Sun, Shuai Nie, Zheng-Nan Zhao, Rong-Feng Cui, Ren-Gang Zhang, Quan-Zheng Yun, Xin-Ning Wang, Fatemeh Maghuly, Ilga Porth, Ri-Chen Cong, Jian-Feng Mao; High quality assembly of the reference genome for scarlet sage, Salvia splendens, an economically important ornamental plant, GigaScience,giy068, https://doi.org/10.1093/gigascience/giy068

 

 

 

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公司簡介

 

 

北京源宜基因科技股份有限公司是一家專業提供生命科學前沿研究技術的高新企業。源宜基因致力于成為全球領先的基因組學解決方案提供者,專注于開發高通量測序實驗技術以及生物信息學在生命科學研究領域的應用。到目前為止,源宜基因已合作發表多篇文章,涉及基因組學、 轉錄組學、 微生物組學、葉綠體基因組學以及熒光定量檢測服務等多個方面。


 

 

 

文獻原文網址鏈接

 

 

https://academic.oup.com/gigascience/advance-article/doi/10.1093/gigascience/giy068/5040257?guestAccessKey=e0af0d9c-f9a7-41b1-91f2-21862831aac4#


 

 

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