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甲基化芯片

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甲基化芯片

產品描述信息

  DNA甲基化是真核生物表觀遺傳學中一種重要的基因表達調控方式,是一種酶催化的修飾過程,即在DNA甲基轉移酶催化下。甲基基團轉移到胞嘧啶的5位碳原子上,使之轉變成5-甲基胞嘧啶的化學修飾過程。DNA甲基化與人類疾病密切相關,它可用于臨床診斷和預后判斷。

  源宜基因推出基于Infinium平臺的人類全基因組甲基化芯片Infinium 450K Methylation BeadChip,和450K芯片的升級款Infinium 850K Methylation EPIC BeadChip,可達到單堿基的分辨率。

產品詳細信息

GWAS的理想之選--Infinium450K Methylation BeadChip

芯片介紹及特點

  該芯片包涵450,000多個甲基化位點,全面覆蓋了96%的CpG島,除了CpG島或CpG shores位點外,還加入了CpG島以外的CpG位點、人類干細胞中觀察到的非CpG島甲基化位點、正常組織與腫瘤(多種腫瘤)組織的差異甲基化位點、非編碼區CpG島位點、miRNA啟動子區域和由GWAS項目發現的疾病相關區域的位點,集合了全面、高樣品通量,以及價格實惠等優點,是篩選GWAS群體的理想選擇。

技術特點

v 流程簡單:采用Bisulfite處理和單堿基延伸技術,無需進行煩瑣的免疫共沉淀

v 單堿基分辨率:直接檢測發生甲基化的準確位點,而非發生甲基化的區段

v 與“全基因組亞硫酸氫鹽測序”相關系數R2 > 0.959

v 技術重復相關系數R2 = 0.9969

v 通量高:一次性檢測12份或者12的倍數的樣本量

 

EWAS的理想之選--Infinium850K Methylation BeadChip

芯片介紹

  除了保持CpG島、基因啟動子區的全面覆蓋外,加強了增強子區和基因編碼區的探針覆蓋,同時也可適用于FFPE樣本,是目前最適合全表觀基因組關聯分析研究(EWAS)的全基因組DNA甲基化芯片。可廣泛應用于干細胞研究、腫瘤和其他復雜疾病研究,是目前最適合表觀基因組全關聯分析研究的全基因組DNA甲基化芯片。

芯片特點

  與450K相比,該芯片擁有覆蓋更全面的全基因組覆蓋范圍,包涵有多于850,000的甲基化位點,不但保持了對CpG島、基因啟動子區的全面覆蓋,特別加強了增強子區(新增333,265個探針覆蓋來自ENCODE及FANTOM5計劃的增強子)以及基因編碼區的探針覆蓋,包括FANTOM5增強子、ENCODE染色質、ENCODE轉錄因子結合位點。此款芯片與FFPE樣本兼容。

實驗分析方法重現性

98%(針對傳統HumanMethylation450K芯片對照,MethylationEPIC芯片采用的相同樣本)

>90%(針對HumanMethylation450K位點內容)

技術特點

與450K相比,其特點有:

v 技術重復重現率98%

v 支持無PCR和低樣本輸入量(低至250 ng)

v 一次性檢測8份或者8的倍數的樣本量  

 

技術流程

  

 

分析流程

  

技術參數
 

  

 

案例
 

  DNA甲基化可能在闡明精神分裂癥(Schizophrenia,SZ)的發病機理或者作為評價易感的生物標記物中扮演重要角色。研究人員為了鑒定精神分裂癥患者與正常人之間的甲基化CpG差異,進行了全基因組范圍的DNA甲基化檢測,結合GWAS研究數據,對于解析精神分裂癥功能相關的潛在遺傳信息具有重要意義。

材料和方法

篩查階段(病例-對照):689例SZ患者 vs 645例正常人對照,共計1334例;

驗證階段(病例-對照):247例SZ患者 vs 250例正常人對照,共計497例;

甲基化檢測: Illumina Infinium Human Methylation450 array

研究結果

v 篩查鑒定了923個SZ相關差異甲基化CpGs(FDR檢驗, <0.2);

v 差異甲基化位點驗證結果顯示,625個位點具有同向相關性,其中172個位點具有重復性且P<0.05;

v 部分具有重復性的差異甲基化位點位于GWAS分析中與SZ高度相關的染色體區域,比如與SZ高度相關的基因RPS6KA1、MAD1L1、KLF13、SULT4A1、NPDC1、AUTS2、PIK3R1、PNPO,先前報道的與神經發育與功能相關的基因(S100A2、SULT4A1、HES1、NTM、MARK4、KIFC3、NPDC1、SCAP、DHCR24、HS6ST1等)以及涉及T細胞發育與細胞命運 (ZC3H12D、TCF3、MAP3K1、IKZF4);

v SZ相關差異甲基化位點與易感基因位點相關性分析表明,基因型對甲基化和SZ發生的影響是分別進行的。

篩查和驗證階段DNA甲基化變化的一致性

參考文獻

Montano C, Taub M A, Jaffe A, et al. Association of DNA Methylation Differences With Schizophrenia in an Epigenome-Wide Association Study.[J]. Jama Psychiatry, 2016, 73(5).【點擊下載】 

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